Từ thời Pháp thuộc cho đến năm 1975, tên của ông đã được đặt cho một ngôi trường trung học lớn ở Đô thành Sài Gòn dành cho nam sinh: Trường Trung học Petrus Ký. Sau năm 1975, trường này được đổi tên là trường Trung học phổ thông chuyên Lê Hồng Phong.

Ở Thành phố Hồ Chí Minh trước năm 1975 (lúc đó gọi là Sài Gòn và Gia Định) có tới hai con đường mang tên ông với 2 tên gọi khác nhau. Đường Petrus Ký của Đô thành Sài Gòn cũ hiện nay là đường Lê Hồng Phong ở quận 5 và quận 10; còn đường Trương Vĩnh Ký của tỉnh Gia Định cũ nay là đường Nguyễn Văn Bảo ở quận Gò Vấp.

Hiện nay vẫn còn một con đường lớn mang tên ông tại quận Tân Phú thành phố Hồ Chí Minh. Ngoài ra còn có một ngôi trường mang tên ông tại xã Vĩnh Thành, huyện Chợ Lách, Bến Tre.[cần dẫn nguồn]